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CGIについて1から書いております
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CGIスクリプトに渡すデータは、次のような規則にしたがってエンコード(符号化)しなくてはなりません。(フォームの場合はブラウザが自動的にエンコードしてくれます。)これを怠ると、~ が \~ に変換されてしまったり、日本語が化けてしまったりします。

スペースはプラス(+)に置き換える。
特殊文字、日本語などはパーセント(%)に続く2桁の16進数に置き換える。
CGIスクリプトの中では、これを適切な手段でデコードしてやらなくてはなりません。例えば、perlによるCGIスクリプトでは、次のようなコードでデータをデコードします。

$value =~ tr/+/ /;
$value =~ s/%([0-9a-fA-F][0-9a-fA-F])/pack("C",hex($1))/eg;

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